河长制在推行过程中有诸多探索创新，其中管理保证金专户极具代表性。

“河长”们上任后，采取“一河一策”的方法，很快制定出水环境综合整治方案。在实施过程中，采取“河长制”管理保证金制度。以无锡惠山为例，每个“河长”按每条河道个人缴纳3000元保证金的要求，在年初上缴区“河长制”管理保证金专户。区财政划拨配套资金充实到专户，专户资金用于对“河长制”管理工作的开展、推进及奖惩。根据“河长制”管理最终考核结果，以“水质好转、水质维持现状、水质恶化”等综合指数作为评判标准，水质好转且达到治理要求的，全额返还保证金并按缴纳保证金额度的100%进行奖励；水质不恶化且维持现状的，全额返还保证金；水质恶化的，全额扣除保证金。在这种人人有压力、大家有动力的治污体制下，河流治理取得了良好效果。